مطهري بعد از اثبات وجود باري تعالي، داشتن هر حقي بر خدا را رد مي كند و معتقد است حق در مورد خدا متقابل نمي باشد و تنها انسان ها هستند كه در مقابل خدا مسئوليت و تكليف دارند. هيچ كس حتي خاتم الانبياء بر خدا حق پيدا نمي كند زيرا بنده هر چه دارد اعم از نيروي بدني و روحي از جانب خداوند به او عطا شده است. توفيق عملش نيز از جانب خداوند به او عطا شده است. با اين وجود خداوند هرگز بشر را مجبور به شكرگزاري نكرده است و در آيه 3 سوره انسان ( إنّا هَدَیناهُ السَّبیلَ اِمّا شاکِراً وَ اِمّا کَفوراً ) بر اين نكته تأكيد دارد كه به انسان آزادي و اراده داده است تا خودش راه را انتخاب كند. بر همين اساس است كه انسان‌هايي كه جهت آسماني و عقلانی را پیش گرفته اند گروه اهل حق و جندالله را تشکیل می دهند و انسان‌هايي كه در حيوانيت سقوط كرده اند، اهل باطل مي شوند.

استاد بزرگوار شهيد مطهري براي اثبات خداشناسي به يكي از اصول فطري كه در بشر وجود دارد، استناد مي كند. ايشان وجود درد خدا جويي در انسان را عامل شناخت خداوند مي داند و مي گويد انسان خودش براي خودش دروازه معنويت بوده و از دروازه وجودش عالم معنی را دیده و کشف کرده است. چیزهایی وجود دارد که حساب انسان‌ها با حساب عالم ماده جور در نمی آید و نشان می دهد حساب دیگری در کار است. استاد مطهري براي اثبات اين نظريه خود به حديث امام هشتم حضرت علي بن موسي الرضا(ع) اشاره مي كند كه مي فرمايد: لا يُعرَفُ هُنالِكَ الّا بما هيهُنا يعني آنچه در عالم معني هست از راه آنچه در درون انسان است شناخته مي شود.

استاد مطهري در مباحث انسان شناسي خود، براي موضوع فطرت اهميت زيادی قائل است به طوری که موضوع فطرت را امّ المعارف مي داند. ایشان فطرت را امری الهی می داند كه بر وزن فِعلَه است به معني گونه خاص از خلقت ابتدايي انسان. به عبارت ديگر اشاره به آن مرحله اي دارد كه انسان، انسان شد. زيرا هنگام خلقت انسان، خمير انسان را چهل شبانه روز سرشتند و آن را آماده كردند. در غير اين صورت خداوند مي توانست انسان را بدون آن چهل روز خلق كند و بعد از اين چهل روز است كه ماده به مرحله اي مي رسد كه مستعد مي شود تا صورت جديد خود را پيدا كند. در نهايت بايد گفت تمام امور فطري همچون دين، اخلاق، عقل، عشق بر مي‌گردد به همان مرحله خاص كه ماده داراي چنين آفرينشي شده است.

شهید مطهری برای بحث انسان شناسی اهمیت زیادی قائل بودند طوری که کتاب‌های انسان کامل، انسان در قرآن، انسان و سرنوشت ، فطرت نقدی بر مارکسیسم ، فلسفه تاریخ ، علل گرایش به مادی‌گری، اسلام و نیاز‌های زمان را به این موضوع اختصاص داده است. با این وجود ایشان انسان را موجودی ناشناخته معرفی می کنند که جزئی از جهان است ولی با تمام اجزای آن متفاوت می باشد و برای شناخت آن نیاز به تفسیر و تعقل می‌ّباشد.

انسان شناسی دین یکی از شاخه های قدیمی و پربار انسان شناسی است. بسیاری از نظریات انسان شناختی که تمام حوزه ی انسان شناسی، و حتی خارج از حوزه ی ویژه ی انسان شناسی، را تحت تأثیر قرار داده اند در زمینه ای از مطالعات انسان شناسی دین شکل گرفته اند. بسیاری از انسان شناسان شهیری همچون ادوارد بارنت تایلور، جمیز جرج فریزر، امیل دوکیم، لوسین لوی برول، آرنولد ون جنپ، ویکتور ترنر، مری داگلاس، و کلیفورد گیرتز، تمامی یا بخش مهمی از نظریات نافذ شان را در زمینه ی انسان شناسی دین پرورانده اند. اگر چه امروزه استدلال هایی برای کاهش اهمیت دین در مناسبات اجتماعی و فرهنگی مطرح هستند، اما از طرف دیگر نمی توان اهمیت یافتن موضوعات مرتبط با دین را به واسطه ی مسائل مبتلا به جهانی نادیده گرفت